1) พัฒนาระบบบริการสุขภาพด้านการแพทย์ แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกให้มีคุณภาพ มาตรฐาน ปลอดภัย และเป็นทางเลือกให้แก่ ประชาชน ในการดูแลสุขภาพ

2) ส่งเสริมและสนับสนุนให้ประชาชนมีการดูแลสุขภาพตนเองด้วยศาสตร์การแพทย์แผนไทยและสมุนไพร

3) คุ้มครอง อนุรักษ์และส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย

4) ส่งเสริมการจัดการความรู้ พัฒนางานวิจัยและนวัตกรรม ด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก